링컨과 존슨은 다같이 연방의회가 "상원과 하원 각 원은 그 자체의 구성원의 자격을 결정하는 심판자가 된다"라는 헌법 규정에 따라 남부출신 의원들이 연방 상원이나 하원의 의석을 차지하는 것을 거부할 권리를 행사할 것이라고 예견했었다. 대디우스 스티븐스의 영도 하에 남부에 대한 응징을 추진했던 ("과격파 공화당원"이라고 불렸던) 의원들이, 선출된 남부출신 의원들의 상원 의석을 거부함으로써 이 같은 예견은 현실로 나타났다. 그 후 수개월 안에, 연방의회에서는 링컨이 시작했고 존슨이 계속 추진했던 계획과는 매우 상이한, 남부의 재편입을 위한 계획수립 작업이 진행되었다.
흑인들에게 완전한 시민권을 부여해야 한다고 믿는 연방의회 의원들에 대한 폭넓은 일반 대중의 지지가 점차적으로 높아갔다. 1866년 7월에 와서는, 연방의회는 민권법을 통과시켰고, 또 새로운 '자유민국'을 설치하였는데, 이 같은 조치는 다같이 남부의 주립법기관에 의한 인종차별을 방지하도록 구상되었었다. 이 조치에 이어 연방의회는 헌법 수정조항 제14조를 통과시켰는데, 이 조문은 "미국에서 출생하였거나 미국에 귀화하여 미국의 관할 하에 있는 모든 사람들은 미합중국과 그들의 거주하는 주의 시민이다"라고 규정하고 있다. 이로써 노예에 대해서는 시민으로서 권리를 인정하지 않았던, 대법원의 드래드 스카트 건 판결은 받아들여지지 않게 되었다.
테네시주를 제외하고는 모든 남부 각 주의 입법기관들은 이 헌법 수정 조항의 비준을 거부했고, 어떤 주의회에서는 전원 일치로 이 수정 조항에 반대 투표를 하기도 하였다. 이 외에도 전쟁이 끝난 후 남부 주의회들은 해방된 노예들을 다시 노예의 신분으로 묶어 두고자 흑인들에 관한 법령을 제정했다. 이들 법률은 주마다 상이했지만, 일부 규정들은 공통적이었다. 즉, 흑인들은 해마다 노동 계약을 체결하여야 하며 위반할 때는 처벌을 받고, 흑인들이 부양하는 자녀들은 의무적으로 도제생활을 하고 주인으로부터 매질을 당할 수 있으며, 흑인 방랑자에 대해서는 벌금을 물 수 없을 때는 이들을 (백인을 위한) 사적 용역에 붙이도록 팔아 넘길 수 있게 되어 있었다.
그러자 북부 일부 집단들은 남부의 흑인들의 권리를 보호하기 위해 개입하라고 주장했다. 1867년 3월의 재편입영을 통해 연방의회는 남부 각 주에 수립되어 있었던 정부를 무시하고, 남부 전역을 5개 지구로 분할하여 군정 하에 두었다. 그러나 공민권을 존중하는 정부를 확립하고, (연방 정부에) 충성을 선서하고, 헌법 수정 조항 제14조를 비준하며, 흑인 참정권을 채택한 주들에 대해서는 항구적인 군정에서 벗어날 수 있는 길을 열어놓았다. 1868년에 헌법 수정 조항 제14조가 비준되었다. 다음해에 연방의회를 통과했고, 1870년에 주 의회들에 의해 비준된 수정 조항 제15조는 "미합중국 시민의 투표권은 인종이나 피부색, 또는 과거에 노예의 신분이었다는 이유로 미합중국이나 그 어떤 주에 의해서도 거부되거나 축소되지 않는다"라고 규정했다.
존슨 대통령이 새로이 해방된 흑인들을 보호하고 아울러 구(舊)남부동맹 지도자들로부터 공직에 종사하는 권리를 박탈함으로써 그들을 응징하려던 법률에 거부권을 행사했기 때문에 (비록 이같은 대통령의 법안 거부가 의회에 의해 번복되었지만) 연방의회는 "과격파 공화당원"들은 격노했다. 존슨에 대한 의회의 반감은 너무나 컸으며, 미국 역사상 처음으로 그를 대통령직에서 몰아내려는 대통령 탄핵 절차가 취해졌다. 존슨의 주요한 죄목은 (남부를) 응징하려는 의회 정책에 대한 반대와, 또 그 같은 정책을 비판했을 때의 과격한 용어의 사용이었다. 그의 정부들이 그에게 가할 수 있었던 가장 중요한 법적 비난은 (대통령이 상원이 전에 임명을 인준한 공직자를 해임하고자 할 때에는 상원의 승인을 받도록 규정한) 공무원 임기법의 규정에도 불구하고, 그가 의회 정책을 철저히 지지했던 국방장관을 (상원의 승인 없이) 내각에서 해임했다는 것이었다. 탄핵 재판이 상원에서 열리자 존슨이 각원을 해임한 것은 기술적으로 그의 권한에 합당한 조치였다는 사실이 밝혀졌고, 더 중요하게는, 만약 의회가 그를 의회의 대다수 의원의 의견에 찬동하지 않았다고 해서 대통령직에서 해임한다면 위험한 전례를 남길 것이라는 점이 지적되었다. 이 탄핵 시도는 근소한 표차로 실패했고, 존슨은 임기가 만료될 때가지 계속 대통령으로서 집무했다.
연방의회는 군정주 재편입법(Military Reconstruction Act)에 의거 1869년까지는 아칸소주, 노드캐롤라이나주, 사우드캐롤라이나주, 조지아주, 앨라배마주, 그리고 플로리다주를 다시 연방으로 받아들였다. 연방에 재편입된 이들 7개 주에서 지사와 주의회의 상·하원의원의 대부분이, 남북 전쟁 후 남부로 가서 흔히 새로 해방된 흑인들과 제휴하여 정치적 행운을 노렸던 이른바 "뜨내기 정상배"인 북부인들이었던 경우가 많았다. 루이지애나주와 사우드캐롤라이나주의 입법부에서는 실제로 흑인이 의석의 과반수를 차지했다. 마지막으로 남은 남부의 3개 주, 미시시피주, 텍사스주, 버지니아주도 마침내 연방의회가 제시한 연방 재편입 조건을 받아들여, 1870년에 연방에 다시 편입되었다.
많은 남부인들은 그들의 정치적 및 사회적 지배력이 위협받게 되자 흑인들이 평등권을 얻는 것을 가로막기 위해 불법적 수단을 사용하게 되었다. 흑인들에 대한 폭력 행위가 점점 더 빈번히 일어났고 무질서가 더해진 결과 1870년에는 해방된 흑인들의 공민권을 박탈하고자 시도한 사람들을 엄히 처벌하는 시행령이 의회를 통과했다.
