"누구에게도 악의를 품지 말고" 북부를 위해서 이 전쟁은 에이브러햄 링컨이라는 더 위대한 영웅을 낳았다. 그는 무엇보다도 무력과 억압에 의해서가 아니라 온정과 관용에 의해 연방을 다시 결속시키기를 열망했던 사람이었다. 링컨은 1864년의 대통령 선건에서 민주당 후보 조지 맥클렐란을 물리치고 재선되었다. 맥클렐란은 링컨이 애티텀 전투 후에 연방군 사령관직에서 파면되었던 장군이었다.
링컨의 두 번째 대통령 취임 연설은 다음과 같은 말로 끝맺었다. "......누구에게도 악의를 품지 말고, 모두에게 자비심을 가지고, 올바른 것을 보도록 신이 우리에게 주신 그 굳건함을 가지고 정도(正道)를 따르면서, 우리가 하고 있는 일을 완수하기 위해, 이 나라의 상처를 아물게 하기 위해, 싸움터에 나간 자와 전쟁 미망인과 전쟁 고아를 돌보기 위해..우리들 자신과 모든 국가들 사이의 의롭고 영원한 평화를 성취하고 간직할 수 있는 모든 일을 하기 위해 우리 다같이 힘씁시다." 이로부터 3주가 지난 후, 즉 리 장군이 항복하고 이틀이 지난 후 링컨은 일반 대중에게 마지막 연설을 했는데, 그는 이 연설에서 아량 있는 (남부) 재편입 계획을 밝혔다.
4월14일, 링컨은 의 마지막 것이 되었던 각료회의를 열었다. 그 밤, 링컨--부인과, 그리고 그의 손님인 젊은 부부와 함께--포드즈 극장에 연극을 관람하려고 갔다. 대통령 특별관람석에 앉아 있을 때, 그는 남부의 패배에 한을품은 버지니아주의 배우 존 윌크스 부드에게 암살 했다. 부드는 며칠 후 버지니아주의 한 농촌 헛간에 숨어 있다가 총격전 끝에 살해당했다. 그의 공범들은 체포되어 후에 처형되었다.
링컨은 4월 15일 포드즈 극장 맞은편에 있는 한 주택의 아래층 침실에서 숨을 거두었다. 시인 제임스 럿셀 로웰은 다음과 같이 썼다.
만나 본 적도 없는 한 사람의 죽음에 대해 눈물을 흘렸던 일은 일찍이 없었다. 장례식 날 낯선 사람들이 만났을 때 서로 말없이 주고받은 애도의 표정만큼 흉금을 울리는 추도사는 지금까지 없었다. 그들 인간 가족은 한 혈족을 잃은 것이다.
이제는 링컨 정부의 부통령으로, 북부에 끝까지 충성을 다했던 남부인인 앤드류 존슨의 지도 아래 들어간 북부가 당면한 최초의 큰 과업은 앞서 연방을 탈퇴했던 주들의 지위를 결정하는 일이었다. 링컨의 견해는, 남부 각 주의 주민들은 법적으로 탈퇴한 일은 결코 없었고, 다만 일부 불충성한 시민들에 의해 연방정부의 권위를 무시하도록 오도되었다는 것이었다. 그리고 남북전쟁은 개인들이 저지른 행위이었기 때문에, 연방 정부는 남부의 주들이 아니라 이러한 개인들을 다루어야만 한다는 것이었다. 이리하여 1863년에 링컨은, 만약 어떤 남부주에서 1860년에 등록된 유권자의 10%가 미국헌법에 충성하는 정부를 수립하고, 연방의회가 제정한 법률과 대통령이 선포한 명령에 대한 순종을 확인한다면, 그렇게 수립된 정부를 그 주의 합법적인 정부로 인정할 것임을 공포하였다.
그러나 연방의회는 이 계획을 거부했고, 또 연방 의회와 협의 없이 이 문제를 다룰 수 있는 대통령의 권한에 이의를 제기했다. 하지만 정쟁이 완전히 끝나기 전인데도 버지니아주, 테네시주, 아칸소주 및 루이지애나주에서 이미 새로운 정부가 수립되었었다. 연방 의회의 일부 의원들은 연방에서 탈퇴한 모든 주들을 엄하게 처벌하라고 주장했다.
연방의회는 주요 관심사의 하나를, 즉 해방된 노예들의 처지문제를 다루기 위해, 1865년 3월에 '자유민국'(Freemen's Bureau)을 설치하여, 이 기관으로 하여금 아프리카系 미국인 시민들의 보호자로서 행동하게 하고, 또 그들이 자립할 수 있도록 지도하게 하였다. 그 해 12월 연방의회는 노예제도의 폐지를 규정한 미국헌법 수정조항 제13조를 비준했다.
1865년 여름 동안 존슨 대통령은 약간의 수정을 가한 링컨의 (남부주)재편입 계획의 수행을 추진하였다. 그는 대통령 포고령을 통해, 이전의 남부동맹의 주마다 지사를 임명하고, 대통령의 사면권 행사를 통해, 많은 남부 시민들로 하여금 그들의 정치적 권리를 자유롭게 되찾도록 하였다.
그러는 동안, 남부동맹에 속했던 주마다에서 연방 탈퇴령을 폐기하고 전쟁 부채의 상환을 거부하며 새 헌법을 기초하기 위한 대표자 회의가 개최되었다. 궁극적으로는 남부 주마다에서 그 고장 출신의 연방주의자가 지사가 되어, 연방정부에 충성하는 유권자들의 대표자 회의를 소집하는 권한을 갖게 되었다. 존슨은 이들 각 대표자 회의에 대해 연방 탈퇴를 무효로 하고, 노예제도를 폐지하며, 남부동맹을 원조하기 위해 짊어진 모든 부채의 상환을 거부하는 조치를 취하고, (시민의 권리에 관한) 미국헌법 수정조항 제14조를 비준하도록 촉구했다. 1865년 말까지에는 이러한 절차는 몇몇 예외를 제외하고는 모두 완료되었다.
