재외동포재단이 매년 많은 돈을 들여 한국으로 초청하는 장학생들 가운데 해외 사립학교 출신자 등 부유층 가정 학생들이 상당수 포함된 것으로 나타나 재원낭비가 아니냐는 비판이 나오고 있다. 특히 재외공관의 3분의 1 정도가 이같은 장학 프로그램에 대한 공지를 하지 않아 공평한 기회를 주지 않고 있다는 지적이다.
한국 언론들에 따르면 국회 외교통일위원회 이태규 국회의원이 재외동포재단 자료를 분석한 결과 지난 2015년에서 올해까지 재외동포 초청 장학금 대상자로 선발돼 한국 대학을 다닌 264명 가운데는 학비가 비싼 해외 소재 사립 고등학교와 국제학교 출신 등 이 대거 포함됐다는 것이다.
이에 따르면 한 학생이 다닌 폴란드의 한 사립고교 연간 학비는 2,500만 원에 달했고, 또 학비가 비싼 중국과 싱가포르, 말레이시아, 자카르타 등의 국제학교 출신들도 많았던 것으로 나타났다.
재외동포 초청 장학생은 재외동포재단이 우수한 해외 한인 인재를 발굴해서 모국에서 대학, 대학원을 다니게 한 뒤 글로벌 인재로 육성한다는 취지로 지난 1997년부터 매년 40억원 안팎의 예산을 들여 재외동포 학생 100명에게 월 90만원의 생활비와 별도의 항공료,
어학연수비, 보험료 등을 제공하며 한국 대학에서 학사 및 석·박사 학위 과정을 밟도록 하는 제도다.