에이브러햄 링컨은 대통령으로 재직하는 기간 전반을 통해 그의 정치 노선과전시정책에 대한 심각한 반대를 겪었다. 남북전쟁은 북부에서조차도 심한 분열을 일으켰고 수많은 인명과 자원을 소모했기 때문에, 그에 대한 반대는 없을 수가 없었다. 

링컨에 대한 반대의 강도는 대체적으로 전장에서 울리는 북부(연방군)의 전과에 비례하여 오르내리곤 했다. 하지만 전쟁 노력에 대한, 나아가서는 링컨에 대한 불만의 첫 표시는 민주당이 아니라 의회로부터 나왔는데, 의회는 진상을 조사하기 위해 1861년 12월 전쟁수행과정조사 합동위원회"를 설치했다. 급진적인 공화당 의원들이 지배했던 이 합동위원회는 링컨 행정부에 대해 보다 공격적인 교전을 벌일 것과 아울러 노예해방을 적극적으로 추진할 것을 촉구했다.

 "주권재민주의"를 표방하는 정당에서 있음직도 한 일이지만, 일부 민주당원들은 연방을 (남북 분열 이전의 상태로) 되찾기 위한 전면전쟁은 정당화될 수 없다고 생각했다. 이처럼 생각되는 일단의 민주당원들은 "Peace Democrats"(남부와 화평하려는 민주당원들)이라고 알려지게 되었다. 이들 중 한 걸음 더 나아간 견해를 가진 사람들은 "Copperheads"(남부에 동정적인 사람들)라고 불렀다.

 "전쟁파"에 속하든 "화평파"에 속하든 간에, 노예해방이 북부인들의 피를 흘릴 만한 가치가 있는 것으로 생각하는 민주당원들은 거의 없었다. 사실 노예해방 반대가 오랫동안 민주당의 정책이 되어 왔다. 예들 들어, 1862년에는 의회의 거의 모든 민주당 소속 의원들이 (워싱턴) 콜롬비아 특별구에 있는 노예를 해방시키는 것과, 모든 준(準)주에서 노예제도를 금지하는 데에 반대표를 던졌던 것이다.

 노예 해방에 대한 반대의 목소리가 가난한 근로계층, 특히 아일랜드계와 독일계의 가톨릭 교도 이민들 사이에서 높았는데, 그들은 새로 해방된 흑인들이 북부로 대량 이주하는 것을 두려워했던 것이다. 그 같은 기운에 자극 받아 1862년에 북부의 몇몇 도시에서 인종 폭동이 일어났다. 

링컨은 1863년 1월 노예해방선언을 선포함으로써, 그의 전쟁 목표에 노예제도폐지를 분명하게 추가했다. 그러나 이 선언은 북부에서 두루 받아들여졌던 것은 결코 아니었다. 예를 들어 인디애나주와 일리노이주의 주의회는 다같이 남부동맹과의 화평과, "사악하고 비인도적이며, 신성하지 못한" 그 선언의 철회를 요구하는 법률을 통과시켰다. 

전쟁 수행에서 북부가 겪는 어려움은 1862년 링컨으로 하여금 (구속적부심사를 위해 피구속자를 법정에 출두시키는) 출두영장제도를 중단시키고, 모병을 방해하거나 반군을 지원 또는 위안하는 사람들에게 계엄령을 적용하게 만들었다. 비록 위기에 처한 시기에는 헌법상 정당화된다 할지라도, 민사에 관한 법률들에 대한 이 같은 침해는 민주당에 링컨을 비판하는 기회를 주었다. 

북부는 병력의 필요성 때문에 미국 역사상 처음으로 외무적인 징병제도를 실시하였다. 입대를 "장려"하기 위해 1863년 입법 조치된 이 징병제도는 많은 사람들을 더욱 정부로부터 멀이지게 했다. 징병제도에 대한 반대는 펜실베니아주, 오하이오주, 인디애나주, 위스콘신주의 "Copperheads" 사이에서 특히 강렬했는데, 이들 지방에 대해서는 법대로 징병제도를 실시하기 위해 연방군이 충돌해야만 했다. 징집당한 사람이 당시의 비숙련 노동자 1년 분의 수입과 맞먹는 액수인 300달러만 내면 병역을 벗어날 수 있었다는 사실이 지적되어야만 하겠다. 이같은 일은 남부동맹에서도 강하게 받아 왔던, 이 전쟁이 "부자의 전쟁이며 빈자의 전투"라는 인상을 사람들에게 더 깊게 심어주었다. 징병제도에 대한 가장 대규모의 저항은 1863년 여름 뉴욕市에서 일어났다. 민주당의 본거지인 뉴욕시에서는 그 해에 서너 명의 징병관이 이미 살해당했다. 7월에, 파업중인 아일랜드계 이민 항만노동자들을 대처하기 위해 경찰의 호위 아래 일단의 흑인들을 뉴욕시로 데려왔다. 동시에 인기없던 징병을 위한 제비뽑기가 행해졌다. 이 같은 두 가지 일이 겹친 결과 일어난 폭동은 4일간이나 계속되어, 인근의 흑인 거주지역, 징병서, 그리고 (기독교) 개신교 교회들이 많이 파괴되었고, 적어도 105명이나 되는 사람들이 살해당했다. 이 폭동은 게티스버그로부터 수개의 연방군 연대가 출동해서야 비로소 진압되어 질서를 되찾게 되었다. 

남북 전쟁에 관한 가장 유명한 민사사건이 역시 그 해에 일어났다. 이 사건의 주인공은 오하이오주 주지사 자리에 출마한, 포부가 큰 민주당측 후보 클레멘트 배랜디검이었다. 분명히 입후보 기반을 튼튼히 하기 위한 의도에서, 그는 그 지방의 군대가 내린 "반역 활동" 금지 명령에 공공연하게 항거했고, 링컨의 정책을 공격했으며, 전쟁을 종식시키기 위한 협상을 촉구하면서 이 전쟁을 "흑인들의 자유를 위한, 그리고 백인들의 노예화를 위한 전쟁"이라고 이름지었다. 그 후 연방군 병사들이 그의 가택을 수색, 그를 체포했다.

 즉각적으로 민주당원들과 일부 공화당원들마저도 배랜디검 체포의 합법성에 이의를 제기했다. 링컨은 배랜디검을 남군 전선 후방으로 추방함으로써 이에 대응했다. 배랜디검은 거기에 있으면서 주지사 후보 지명을 받았었다. 그는 캐나다로 빠져나가 그곳에서 떠들썩하게 선거운동을 벌였으나 성공하지 못했다. 

연방군이 1864년 비크스버그와 게티스버그에서 거둔 승리에도 불구하고, 남부와의 화평을 주장하는 민주당원들은 그들의 주장을 관철하기 위해 계속해서 국가의 불행을 국민에게 호소하고 민감한 인종 감정을 이용했다. 북부의 분위기가 이렇게 되자, 링컨은 1864년 대통령 선거에서는 자신이 패배할 것이라고 확신했다. 

이 해의 민주당 대통령 후보는 조지 맥클렐란 장군이었는데, 그는 2년 전에 렁컨에 의해 포트맥 지구 사령관직에서 해임 당한 사람이었다. 맥클렐란의 부통령 후보는 배랜디검과 친근한 사람이었다. 하지만, 민주당원들의 희망에도 불구하고 멜클렐란은 협상을 통해 전쟁을 종식시키려는 민주당의 목표를 받아들이는 것을 거부하였다. 링컨은 마침내 전쟁의 승리가 목전에 다가온 가운데 뉴저지주와 델라웨어주를 제외한 북부의 모든 주를 석권하고 이 선거에서 맥클렐란을 쉽게 패배시켰다.