수도 워싱턴에서 가까운 버지니아주의 불런에서 있었던 이 전쟁의 큰 전투는 (이 전투는 '제1차 머내서스 전투'라고도 알려져 있음) 사람들로 하여금 승리를 신속히 그리고 쉽게 얻을 수 있으리라고 생각하는 것이 망상임을 깨닫도록 만들었다. 이 전투는 또한, 적어도 합중국의 동부에서는 남부가 혈전을 통해 거둔 승리가 결정적인 군사적 우세로 전환되지 못했던 그러한 승리의 패턴이 되었다. 전쟁 초기의 몇 년 동안은 남부가 전투에서 승리하는 일이 자주 있었지만, 전쟁에서는 승리하지 못했다. 

연방군은 동부에서의 군사적 실패와는 대조적으로 해상과 서부에서는 전투에서 승리하고 서서히 전략적으로 성공을 거둘 수 있었다. 전쟁 초기에 해군의 대부분은 연방의 장악 하에 있었으나, 흩어져 있었고 또 약했다. 기디온 웰즈 해군장관은 해군을 강화하기 위한 신속한 조치를 취하였다. 당시 링컨은 남부 해안에 대한 봉쇄를 선포하였다. 그 봉쇄의 효과는 처음에는 미미했지만 1863년에 이르러서는 남부 측의 유럽에 대한 목화 수송과, 남부가 절실하게 필요로 했던 탄약, 의류 및 의약품의 수입을 거의 완전하게 막았다. 

그러는 동안, 총명한 해군 사령관 데이비드 파라가트 제독은 두 차례의 괄목할 만한 작전을 감행했다. 한 작전에서 그는 연방함대를 미시시피강 어귀까지 이끌고 가서 남부 최대의 도시인 루이지애나주 뉴올리언즈시를 함락시켰다. 또 다른 작전에서 그는 앨라배마주 모빌만의 요새화된 어귀를 뚫고 들어가서 남부동맹의 장갑선 한 척을 노획하고 이 항구를 봉쇄하였다. 

미시시피강 유역에서는 연방군은 거의 저항 없는 일련의 승리를 거두었다. 연방군은 테네시주의 길다란 남부동맹 전선을 돌파하는 것부터 시작했는데, 이리하여 테네시주의 서쪽을 거의 모두 점령할 수 있게 되었다. 연방군이 미시시피강의 중요한 항구인 맴피스를 점령하자, 그들은 남부동맹의 심장부 안으로 약 320킬로미터나 진격할 수 있었다. 끈질긴 성격의 율리시스 S. 그란트장군이 지휘하는 연방군 부대들은 테네시강을 굽어보는 벼랑 위의 사이로 요새에 대한 남부동맹 측의 돌연한 반격을 받고, 증원부대가 도착할 때까지 대항하여 끝내 이 반격을 물리쳤다. 사이로 전투에서 양측은 각각 1만 명이 넘는 사상자를 냈는데, 이는 미국인들이 전에는 경험하지 못했던 높은 사상자율이었다. 그러나 살육의 시작에 불과했다. 

이와는 대조적으로 버지니아주에서는 연방군은 패전을 거듭하였다. 연방군은 남부동맹의 수도인 리치먼드시(市)를 점령하려는 일련의 혈전에서 되풀이하여 격퇴 당했다. 남부동맹은 두 가지 큰 이점을 갖고 있었다. 하나는 워싱턴과 리치먼드 사이의 도로가 수많은 하천에 의해 끊기어 있는 지리를 이용한 강력한 방어 진지였고, 또 하나는 두 장군, 즉 로버트 E. 리 장군과 토마스 J. (스톤월) 잭슨 장군의 능력이었는데, 이들 두 사람의 능력은 초기의 연방군 지휘관들의 능력을 훨씬 능가하고 있었다. 1862년 연방군 사령관 조지 맥클렐란은 리치먼드시를 함락시키기 위해 지나치게 조심스러운 공격을 서서히 시도했다. 그러나 1862년 6월 25일부터 7월 1일까지 계속된 '7일 간의 전투'에서 연방군은 번번이 격퇴 당했으며, 쌍방은 다같이 엄청난 사상자를 냈다. '

제2차 불런 전투'( 즉 '제2차 머내서스 전투')에서 남부동맹군이 또 다른 승리를 거둔 후 리 장군은 포트맥강을 건너가서 메릴랜드주를 침공했다. 이때에도 맥클렐란 장군은 리 장군이 병력을 쪼갰고, 그 병력이 연방군 병력보다 크게 열세라는 사실을 알면서도 다시 주저하면서 응전하였다. 연방군과 남부동맹군은 1862년 9월 17일 메릴랜드주 샤프스버그 근처의 '앤티텀' 샛강에서 만나 하루 동안 치열한 혈전을 벌였다. 양쪽에서 4,000명 이상이 전사하고 1만 8,000명이 부상했다. 하지만 병력의 수적 우세에도 불구하고 맥클렐란 장군은 리 장군의 전선을 타격하여 반격을 가하지 못하고, 리 장군은 남부동맹군을 이끌고 포트맥강을 건너 고스란히 후퇴할 수 있었다. 이 결과, 링컨은 맥클렐란을 사령관직에서 파면했다. 

비록 앤티텀 전투가 군사적 견지에서는 결정적인 전투는 아니었지만, 그럼에도불구하고 그 결과는 엄청난 것이었다. 당시 남부동맹을 승인하기 직전에 있었던 영국과 프랑스는 다같이 승인을 보류했고, 남부는 얻고자 필사적으로 애썼던 유럽의 외교적 승인과 원조를 받지 못하였다. 

이 '앤티텀' 전투는 링컨에게 예비적 노예해방 선언(Preliminary Emancipation Proclamation)을 선포하기 위해 필요로 했던 계기를 마련해 주었는데, 이 노예해방선언은, 연방에 대항하는 모든 주의 노예들은 1863년 1월 1일을 기해 자유의 몸이라고 선포했다. 실제적인 견지에서는 이 노예해방선언은 즉각적인 효과는 거의 없었는데, 경계주들의 노예들은 그대로 놓아둔 채 남부동맹 주들의 노예들만을 해방시켰다. 하지만, 정치적으로는 이 노예해방선언은 연방이 선포한 전쟁 목표가 연방을 보전하는 것 이외에 노예제도를 폐지하는 것임을 뜻했다. 

1863년 1월 1일에 선포된 최종적 노예해방 선언은 또한 흑인들을 연방군에 입대시키는 것을 승인했는데, 이 같은 조치는 프레드릭 더글러스와 같은 노예제도 폐지운동 지도자들이 남북사이의 무력 충돌이 일어나기 시작했을 때부터 촉구해 왔던 조치였다. 사실 연방군은 탈주한 노예들을 숨겨주었었다. 그러나 최종적 노예해방선언이 선포된 이후부터는 연방군은 흑인들을 입대시켜, 흑인연대를 편성해서 훈련시켜, 버지니아주에서 미시시피주에 이르는 동서 각지의 전투에서 공훈을 세우게 했다. 연방군의 "합중국 유색인 부대"들에는 약 17만 8,000명의 아프리카계 미국인이 복무했고, 연방 해군에는 약 2만 9,500명의 흑인이 복무했다. 

노예해방선언으로 인한 정치적 이득에도 불구하고, 동부에서는 연방측의 군사적 전망이 여전히 흐렸다. 리 장군이 이끄는 북버지니아군은 포트맥강 지역의 연방군을 계속하여 타격했는데, 첫 번째는 1862년 12월 버지니아주 프레더릭스버그에서, 두 번째는 1863년 5월 찬셀로즈빌에서 연방군을 무찔렀다. 찬셀로즈빌에서의 승리는 리 장군이 거둔 가장 혁혁한 군사적 승리에 속했지만, 그가 가장 아끼던 부사령관 스턴월 잭슨 장군이 죽는 가장 값비싼 대가를 치른 승리였는데, 잭슨은 자신의 부하 병사의 오인으로 사살 당했던 것이다.