워싱턴은 국가원수직을 8년 이상 맡는 것을 굳게 사양하면서 1797년 은퇴했다. 그의 부통령이었던 매사추세츠주 출신인 존 애덤즈가 새로운 대통령으로 선출되었다. 애덤즈는 대통령에 취임하기 전부터도 알렉산더 해밀턴과 다투었었는데--이처럼 당의 분열로 인해 불리한 입장에 놓여 있었다. 
이러한 국내적 난관은 국제적 분규로 해서 더욱 복잡하게 되었다. 프랑스는 제이가 영국과 체결한 조약에 분노하여, 영국의 주장을 역으로 이용, 프랑스 해군이 적의 항구로 운송되는 보급품, 전쟁물자를 압수하기로 했다. 1797년까지에는 프랑스는 300척에 달하는 미국 선박을 나포했고, 미국과의 외교관계를 단절했다. 애덤즈가 협상을 위해 다른 세 사절을 파리에 보냈을 때, 프랑스 외상 샤를르 모리스 드 탈레랑의 대리인들이 (애덤즈는 의회에 제출한 보고서에서 이들을 X, Y, 및 Z라고 호칭했다) 미국 사절들에게, 협상은 미국이 프랑스에 1,200만 달러를 대여하고 프랑스 정부 관리들에게 뇌물을 주어야 비로소 시작될 수 있다고 귀뜸해 주었다. 
프랑스에 대한 미국민의 적개심은 극도에 달했다. 이른바 XYZ사건의 결과로 미국에서는 군대가 모집되고 창설된 지 얼마 안 되는 해군을 강화시키게 되었다. 1799년 프랑스군과의 일련의 해전이 벌여진 끝에 마침내 전쟁이 불가피한 것처럼 보였다. 이러한 위기에 처하여 애덤즈는 전쟁을 원했던 해밀턴의 조언을 제쳐놓고 세 사람의 새 사절을 프랑스로 보냈다. 갓 집권한 나폴레옹은 이 사절을 정중히 영접하였고, 1800년의 협정이 협상됨으로써 전쟁의 위험은 사라졌는데, 이 협정으로 미국은 1778년에 프랑스와 맺은 방위동맹의 의무에서 정식으로 벗어나게 되었다. 
하지만 미국의 약한 입장을 반영하듯이, 프랑스는 프랑스 해군이 나포한 미국 선박들의 배상금 2,000만 달러의 지불을 거부했다. 프랑스에 대한 적개심은 의회로 하여금 미국민의 공민적 자유에 심대한 영향을 미친 외국인 단속법과 치안 유지법을 통과시키게 만들었다. 미국시민으로 귀화할 수 있는 요건인 5년 간의 미국 거주 기간을 14년으로 바꾼 귀화법은 공화주의자들을 지원하고 있는 것으로 의심받은 아일랜드계와 프랑스계 이민들을 표적으로 삼았다. 
2년 동안만 효력이 있는 외국인 단속법은 전시에 대통령에게 외국인을 추방하거나 투옥하는 권한을 부여했다. 치안유지법은 대통령이나 의회에 고나해 "허위이고, 중상적이며 악의적인" 성질의 글을 쓰거나, 말을 하거나 인쇄물을 간행하는 그 어떤 행위도 이를 금지했다. 이 법에 의해 유죄 판결이 내려진 건이 몇몇 건 있었는데, 이는 공민적 자유의 대의에 몸바친 '순교자'들을 만들어낼 뿐이었고, 공화주의자들에 대한 지지를 일으켰다. 이들 법률은 저항에 부딪혔다. 제퍼슨과 매디슨은 켄터키주 의회와 버지니아주 의회가 1798년 11월과 12월에 켄터키주 결의안과 버지니아주 결의안을 통과시킬 것을 발의했다. 이들 결의안에 따르면, 주는 연방이 취한 조치에 그들의 의견을 "첨가"할 수 있고 이들 조치를 "무효화"시킬 수 있었다. 이 무효화의 독트린은 후에 남부 각 주가 관세문제를 놓고, 더 불길하게는 노예 문제를 놓고, 북부에 대항하여 그들의 이익을 수호하기 위해 사용되었다.
1800년에 이르러서는 미국민들은 변화를 원하게 되었다. 워싱턴과 애덤즈의 집권 아래 연방주의자들은 장려한 정부를 확립하였으나. 때로는 미국정부는 국민의 의사에 호응해야 한다는 원칙을 존중하지 않고 많은 국민을 소외시키는 정책들을 시행했다. 예를 들어, 1798년에 연방정부는 주택, 토지 및 노예에 과세하는 제도를 제정하여 미국 내의 재산 소유자들 모두에게 영향을 미쳤다. 제퍼슨은 수많은 소농, 상점주인 및 기타 근로자들을 규합했으며, 이들은 1800년의 선거에서 자기 주장을 내세웠다. 
이 선거에서 제퍼슨은 미국의 이상에 호소함으로써 엄청난 지지를 받았다. 그는 새로운 수도 워싱턴 D.C 에서 미국 대통령으로서는 처음으로 행하는 취임 연설을 통해, 주민들 사이의 질서를 유지하되, "그들로 하여금 자유로이 산업과 생활향상을 추구해 나갈 수 있게 해줄, 현명하고 검약한 정부"를 약속했다. 제퍼슨이 백악관에 있다는 사실만도 이는 민주적 절차를 고무하는 힘이 되었다. 그는 부하들이 자신들을 단순한 국민의 수임자로 생각하도록 가르쳤다. 그는 농업과 서부로의 확장을 장려했다. 그는 미국을 피압박자들의 안식처로 믿고, 관대한 이민법의 제정을 촉구했다. 1809년까지에는 긴 안목을 가진 재무장관 앨버트 갤라틴이 국가의 채무를 5억 6,000만 달러 미만으로 줄여놓았다. 제퍼슨식 사상의 열기가 전국을 휩쓸자 주들은 잇달아 재산 소유에 따른 투표 자격 제도를 폐지하고, 채무자와 범죄자들에 대한 보다 인도적인 법률을 제정했다.